第一套房用商业贷款第二套可以用公积金。因为公积金贷款并未限制只能由未办理过房贷的客户申请。所以，第一套房用商业贷款，第二套房用公积金贷款完全没问题。所以哪怕首套商业住房贷款未还清，也可以在购买第二套房的时候申请公积金贷款，只要申请者符合公积金贷款要求即可。
需要注意的是，若是购买第一套房用的是公积金贷款，那购买第二套房也想用公积金贷款，就必须先将名下的首套住房公积金贷款还清，然后才能申请新的公积金贷款。
还有，若名下已有两套住房，并且都是用公积金贷款购买的，那无论这两套住房的公积金贷款是否还清，购买第三套房时都无法再申请公积金贷款了。
另外，虽然第一套房用商业贷款不影响第二套房用公积金贷款，但公积金贷款所能购买的房屋是有限制的。一般公积金贷款只能购买土地性质为普通住宅的房屋，若是土地性质为商服用地的房屋(比如公寓、LOFT)，则无法申请公积金贷款，只能办理商业贷款。
而若当前自身情况尚未能达到公积金贷款条件，那在购买第二套房时也只能暂时办理商业贷款。不过后续自身情况若符合公积金贷款要求了，就可以去办理商业贷款转公积金贷款业务。不过并非所有城市都开放商转公业务，比如北京、武汉、合肥等城市均未开展商转公业务。
公积金贷款办理流程
1、申请贷款
目前可以全程线上通过“全国住房公积金”小程序，线上预约公积金贷款申请，预约后需要携带相关资料前往当地住房公积金中心办理申请。
2、面签
公积金贷款的面签过程必须本人到现场，需要携带的资料包括：申请人身份证、户口簿、婚姻证明(如果有婚姻关系)、购房合同、开发商开具的缴纳房屋首付款的凭证、收入证明、银行流水打印文件、个人详版征信报告等。
3、贷款审批
贷款审批过程有初审和复审两个阶段，主要流程是：银行初审-银行复审-公积金中心终审。在审批阶段会对公积金账户缴存情况、个人征信、申请房屋状态等各方面进行比较严格的审批。
4、担保办理
在贷款经过公积金中心终审后，借款人应前往不动产登记中心，办理相关的房产转移登记和
抵押登记。抵押登记成功后需要进行等待银行抵押录入和公积金中心抵押终审。
5、放款
办理完以上手续后，大概银行会在一个月内放款，资金会直接放款给开发商。而申请人在贷款下发后的第一个月还款，值得注意的是公积金还支持办理冲还贷业务，能够有效减少每月的还款压力。
温馨提示：由于公积金贷款利率相比较于商业贷款比较低，在首付实在不够的情况下，可以尝试一些银行的信用贷款或者信用卡取现，但是一定不要申请网贷。
