1、性质不同：
不动产证是房产证和土地使用权证书的合二为一。
2、防辐射标签不同：
房产证没有防辐射标签，不动产证有防辐射标签。
3、内容不同：
房产证外页只有中华人民共和国房屋所有产权证，并无其它内容;房产证内页内容包括房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况。
不动产证的外页除了中华人民共和国不动产权证外，在其右上角写有不动产登记抵押权、异地登记、查封登记等登记类型;不动产证内页规定了权利人、证件种类、证件号、共有情况、权利人类型、登记原因、使用期限、取得价格(以万元/平米为单位)。
4、发证机关不同：
房产证：发证机关是市(县)房地产管理局(房产管理局)或市(县)人民政府。
不动产权证：动产登记机构由县级以上人民政府依法确定的、统一负责不动产登记工作的部门。
5、版本不同：
房产证书只有一个版本，而不动产证书有两个版本，单一版和集成版两个版本。单一版证书记载一个不动产单元上的不动产权利，而集成版证书记载同一权利人在同一登记辖区内享有的多个不动产单元上的不动产权利。
6、费用不同：
房产证需要当时办理这些证书时，要按照土地面积、房产面积分别进行两次测绘、缴纳两次测绘费用，缴纳两份制证成本费。不动产证测绘只要一次就行，制证的成本费也就收一次。
房产证的作用有哪些
1、保障房屋权利人的合法权益。房屋权利人的合法权益是指权利人依法对自己的房产享有的占有、使用、受益和处置的权利。这种权利只有在权利人向政府房地产行政主管机关进行了产权登记，并领取了房屋产权证书之后才正式生效，受国家法律保护。
2、维护房地产市场秩序。房地产交易的实质是房地产产权的有价转移。房地产的市场行为是建立在明晰的产权基础之上的，无论是房地产的买卖、交换、租赁和抵押，或者是现代经济发展产生的资产重组、招商引资等都要求有明晰的产权关系和合法的产权证书作保证。
3、为城市建设管理和司法行政提供基础资料。房地产权属管理是房地产行政管理的基础和核心，准确完整的产籍资料是进行房地产管理、培育房地产市场进行城市建设和管理的重要资料，现在实行的住房制度改革、旧城改造、房屋拆迁，以及民事法律活动的分家析产、继承、赠与，权属纠纷调处，无一不依赖于完善的产权登记发证制度，以及由此而形成的房地产档案图册等产籍资料作为依据。
