1、投资大：别墅屋顶光伏发电需要投入大量的资金，投资回收期长;
2、局限性大：光伏发电依靠太阳能，所以它受到光照的限制，发电量不足以满足家庭需求
3、维护费用高：由于受到风吹日晒雨淋等因素的影响，光伏发电设备的维护费用会变高
4、依赖性大：别墅屋顶光伏发电依赖于太阳能，而太阳能会受到天气等因素的影响，从而影响发电效率。
申请光伏发电需要什么手续
1、携带资料到当地供电公司营业厅填写并网申请表;
2、自然人申请需提供经办人身份证原件、复印件和房产证或乡镇及以上政府出具的房屋使用证明。发电设施占用公共面积的，需提供物业或居委会的意见、涉及公共面积的相关业主的认可意见;
3、提供申请后，供电企业会派人到现场勘察，出具一个接收方案，市民根据方案来设计，购买有资质单位的太阳能发电板、逆变器、支架、线缆等，进行安装，然后供电企业来审核;
4、审核通过后，供电企业会派人安装计量装置、签订并网合同，进行并网调试。
供电企业免收系统容量备用费，从并网申请到并网调试全程不收费，发电量可全部上网，也可全部自用，或者自发自用，余电上网。国家电网公司承诺整个流程在45个工作日内完成。从投运的部分家庭光伏电站来看，供电企业一般能在45天内完成服务流程。
别墅光伏发电的成本与利润
一般别墅家用太阳能光伏发电设备功率在5至8千瓦范围，全部投入在6到10万元。一般农村家用太阳能光伏发电设备功率在3至5千瓦范围，全部投入在3到5万元。
光伏发电的收益不仅仅是节省电费收益这一项，还有国家补贴，部分还有地方补贴。根据自发自用余电上网的模式，光伏发电总收益=节省电费开支+多余卖电收益+国家补贴+地方补贴。这样算下来，全国大部分地区5-8年就能收回成本了，带来25年稳定的现金流，光伏发电的收益率还是不错的。
